使用Sounio进行基因组学与生物信息学

Sounio提供了序列变换的核心算法。

序列操作

// 对单个碱基进行补码（与0b11进行异或运算）
fn complement_base(b: u8) -> u8 {
    return b ^ 3
}

// 对整个序列进行补码
fn complement(seq: &[u8]) -> [u8] {
    return seq.map(|b| b ^ 3)
}

// 反向补码
fn reverse_complement(seq: &[u8]) -> [u8] {
    let rev = seq.reverse()
    return rev.map(|b| b ^ 3)
}